De rode draad in Over wondere feiten is verwondering t.a.v. een aantal thema's uit de natuur- en menswetenschappen. Er is aandacht voor de mens als een wezen met bezieling, de oorsprong en ontwikkeling van religie en de kunst van het verbeelden. Waar mogelijk wordt een verband gelegd met de drie levensvragen:

Waar komen wij vandaan? Waarom zijn we hier? En waar gaan we heen?

Er zijn vijf hoofdstukken.

1 Verwondering en taal
Leerlingen verkennen het begrip ‘verwondering’ en maken onderscheid tussen de letterlijke taal van feitelijke informatie en de figuurlijke taal van symboliek en verbeelding.

2 Cultuur en religie
De oorsprong van menselijke cultuur, kunst en religie. Ook wordt duidelijk gemaakt dat de latere wetenschappen zich hebben losgemaakt uit de mythische oerverklaringen.

3 Kerk, geloof en wetenschap
Er wordt ingegaan op de drie levensvragen vanuit de natuurwetenschappen (kosmologie en biologie). Hierin komt met name ‘de vraag naar het begin’ (schepping en evolutie) aan de orde.

4 De mens
Hierin komen thema's aan de orde uit de culturele antropologie en de psychologie. Er worden vragen gesteld en behandeld over wat en wie de mens is en wat die mens bezielt, dat hij als enig levend wezen aan religie doet.

5 De dood
De velerlei uitingen van kunst en cultuur, waarin de mens niet alleen eerbied en verwondering uitdrukt, maar ook zijn voorstellingen over een leven na de dood verbeeldt.